Als Rastgebiet für Wasservögel hat der "Möwensee" eine besondere Bedeutung.
Durch seine Tiefe von max. 43 m und dadurch einer etwas höheren Temperatur im Winterhalbjahr, friert er auch bei sehr kalten Temperaturen nie völlig zu. Dies führt dazu, dass sich die Wasservögel auf diesen See konzentrieren und die eisfreien Flächen gezielt frei halten.

Hier trifft man als Gäste auch nordische Wasservögel an wie: Prachttaucher, Sterntaucher, Gänse-, Mittel- und Zwergsäger, Pfeif-, Spieß-, Schell- sowie Eiderente und viele andere rastende Arten.
Als brütende Wasservögel wurden bisher Nilgans, Bleßralle, Haubentaucher, Stock- und Reiherente sowie auf der Insel Kormorane mit vier Brutversuchen und in den 1980er Jahren Lachmöwen festgestellt.

Die Uferregionen sind zum größten Teil steile Abbruchkanten mit wenig Verlandungszone, somit schwacher Schilfansatz aber stark verbuscht. Hier brüteten bisher Uferschwalbe, Eisvogel, Beutelmeise und einige Kleinvogelarten.

Im Bereich der Zorgeaue, am Nordrand des Möwensees, sind als Brutvögel Rotmilan, Schwarzmilan, Mäusebussard, Nilgans, Stockente und viele Kleinvogelarten wie Gartenrotschwanz oder Feldsperling bekannt.
Dieses Gebiet wird vom NABU-Kreisverband Nordhausen als Naturschutzprojekt "Möwensee mit Zorgeaue" bearbeitet mit dem Ziel, es eines Tages als Naturschutzgebiet ausweisen zu können.

v. l. n. r.
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